Nema razloga da ne koristis mysqli, to je samo drugaciji (noviji) drajver za mysql bazu, koji omogucava neke bitne stvari, recimo prepare statements i da se logujes u bazu sa novim sistemom cuvanja sifri koji je sigurniji. Ali jos bolje je da umesto mysqli odmah preskocis i naucis PDO, to je isto drajver, ali ne samo za mysql, vec podrzava razne baze.
Sto se tice multi-query postoje neke sigurnosne implikacije sa tom f-jom, pa se zato ne preporucuje, a sem toga to nije ono sto tebi treba.
Bitno je da razumes kako se SQL izvrsava: php posalje svom drajveru SQL string koji si zadao, on to prosledi bazi, baza kompajlira SQL string u komandu i onda je izvrsi. Kad imas vise komandi njih moras da izvrsis sekvencijalno, jednu po jednu, i svaka ce proci kroz sve ove korake. Ono sto multiquery pomaze je sto mozes u jednom pozivu bazi da posaljes vise komandi, pa stedis na konekcijama ka bazi, koje su inace najsporiji deo operacije. Ali posle toga se sve odvija isto, tj. i dalje se izvrsava jedna po jedna komanda
Druga stvar koju treba da razumes je pojam atomske operacije u bazi. To je operacija koju mozes da zamislis da se obavlja u jednom koraku, tj. ona ili ne uspe, ili se izvrsi onako kako je zadano, druge operacije koje se izvrsavaju u bazi ne mogu da uticu na njen rezultat. U mysql-u je svaka pojedina komanda atomska, znaci ako kazes UPDATE tabela SET a=5, b=6; ti znas da ce na svakom redu u tabeli a i b biti toliko, ne moze da se promeni samo a ili samo na par redova.
Medjutim kad imas vise komandi onda to ije atomska operacija, znaci bilo kakve izmene u bazi koje neko drugi radi mogu da ti uniste relacije (veze id-jeva koje imas, sto se jednim imenom zove referencijalni integritet baze). Da se to ne bi desilo koriste se transakcije, a posto koristis InnoDB engine ja bih ti preporucio da sve te svoje operacije zatvoris izmedju START TRANSACTION i COMMIT komandi. Vise o tome mozes da procitas ovde:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/commit.html