Ako imaš tako puno tabela i konvertuješ ih u InnoDB i odlučiš da tako zadržiš, malo češće kontroliši ibdata1 fajl ili prebaci da svaka tabela bude zaseban fajl (opcija innodb_file_per_table)...
Više detalja
http://www.serveradminblog.com/2010/...ibdata1-howto/