Зашто си мењао из MyISAM у INNO DB?
Први је одличан код упита који углавном читају податке а други је новији и бољи у смислу да подржава интегритет података и бољи је код интензивног уписа података.
За поређење погледај:
http://www.kavoir.com/2009/09/mysql-...-and-cons.html