Zašto query builder ako ćeš kucati kompletan plain query svejedno? Po meni taj fluent interface nema smisla.
getInstance() je Singleton, pogledaj malo
Dependency Injection.
Koristiš include/require, ne valja... dodaj autoloader, ili ako neko hoće da koristi u svojoj nekoj aplikaciji koja već koristi autoloader, napravi namespace i drži se neke nomenklature, tipa new DB\Query a ne include DBQuery.php itd.
Stavio si SET NAMES UTF8, možda neko ne koristi UTF8.
Postavi PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES na FALSE.