Za ozbiljno savladavanje milion fora koje prototype nudi obavezno pogledajte i ovo:
http://www.sergiopereira.com/articles/prototype.js.html
Ovo je suvoparna referenca, znaci nije za pocetak rada, ali ima prilicno detaljan opis svih klasa/funkcija, i po neki primer tu i tamo... vrlo korisno..
jedino sto me nervira kod prototype-a je sto pokusavaju da javascript pretvore da lici na ruby...inace je stvarno dobra biblioteka...