Prototype je kompatibilan sa modernim browserima. Sve radi bez greške u FF, IE i Safariju. Ostale nisam gledao (sad će korisnici Opere da me skalpiraju, ali Opera nije bila u igri za to što sam pravio)...
Da li se isplati uključivati 50kb biblioteku zavisi od toga za šta ti treba. Ako ti trebaju samo sitnice kao što ti kažeš koje sam možeš brzo da realizuješ sa minimumom koda onda ti prototype definitivno ne treba. Ako ćeš praviti bogatu web aplikaciju gde ti treba napredna, standardizovana obrada događaja, gde radiš složene "upite" nad dokumentom (daj mi sve file inpute unutar #forma i za onclick im setuj ovu funkciju), drag and drop, animacije i slično onda se 50kb JSa isplati višestruko.
Ja sam još relativno nov u celoj priči, ali me stvarno oduševljava šta sve može da se radi i koliko je to u stvari lako kad imaš dobru osnovu (prototype npr). A i klijenti se oduševljavaju kad vide par zanimljivih sitnice