[Br@nkoR]

Problem je u tome što je pozicija nekih .draggable elemenata negativna, odnosno zato što se elementi nalaze izvan .ui-droppable elementa.

Sa kodom:

var rows = [];
for(var i = 0; i < rowsCount; i++) {
    rows[i] = [];
}

kreiraš prazan dvodomenzionalni niz, pri čemu je i od 0 do 6, zatim pomoću koda:

for(var i = 0; i < arrayOfDivs.length; i++) {
   var position = arrayOfDivs[i];
   var rowNumber = Math.floor(position.topPosition / ROW_HEIGHT);

   rows[rowNumber].push(position);
}

"puniš" gornji rows niz podacima, ali pošto je top pozicija nekih elemenata negativna, tako je i rowNumber negativan, pa je rows[rowNumber] nedefinisan, i onda u nedefinisan niz pokušavaš da ubaciš novi član.
Možeš na primer da umesto što .draggable elemente sortiraš u odnosu na top-left poziciju, sortiraš ih u odnosu centar elementa (vertikalna i horizontalna sredina) ili videti zašto .draggable elementi izlaze izvan .ui-droppable elementata ili je to normalno ponašanje.