Moze MySQL svasta jos...
Postoji cak i partitioning, table splitting (na fixed i dynamic row size), kompresovanje radi brzeg selektovanja, triggers, views, stored procedures, events, podjela database direktorija na vise hard diskova radi boljih I/O performansi, dinamicko podesavanje buffera i session varijabli ... i td.
@cvele: U praksi jos nisam imao potrebu za necim ovakvim kao sto ti imas sad, ali vjerujem da bi razdvajanje na dvije tabele (jedna InnoDB i jedna MyISAM), kao sto je vec predlozeno, rijesilo tvoj problem...
Trenutno mi ne pada neko bolje rjesenje na pamet.