.htaccess se odnosi na taj folder i na sve subfoldere, i problem je sto ti prvo rewriteujes jednom
www.site.com/ ->
www.site.com/app/webroot/
a onda apache uhvati ponovo ista pravila u app/webroot/ pa rewriteuje ponovo (drugo pravilo je catch-all pa ce se izvrsiti)
najednostavnije resenje je da u app/webroot/ dir stavis .htaccess u kome ce da pise
RewriteEngine Off
i to ce ti iskljuciti dalje procesiranje mod_rewite jednom kad stigne do tog dir-a..
inace * znaci pojavljuje se 0 ili vise puta, tako da tvoja 2 pravila mozes slobodno da prepises kao samo
^(.*)$ /app/webroot/$1 [L]
drugim recima sta god da se pojavi iza
www.site.com mapiraj ga u
www.site.com/app/webroot/... (ako se ne pojavi nista, onda je $1 nista i opet dobijes sta ti treba). [L] nije neophodno ako je to jedino pravilo, ali ovako je bolje ako planiras da dodas kasnije jos neko