JavaScript se originalno zvao LiveScript i iz čisto marketinških razloga nazvan je JavaScript što nikako nije pomoglo samom jeziku. Zbrka koju je to napravilo još nije rešena
Ako ništa razlika je u samom korenu (pored niza drugih specifičnosti koje JS ima) - Java je dizajnirana da bude čist OO jezik. JavaScript ne poznaje klase. To JS čini u najmanju ruku čudnim za sve koji su navikli na OO. Meni je trebalo godinu dana da zaboravim OO stvari i napokon počem da koritim JS onakvim kakav jeste.
Da ponovim - reći da znaš JS ako znaš Javu ne stoji. Čak šta više, mislim da Java programeri imaju najviše problema da prihate JS. Lakše im je da sklepaju nešto kao što je GWT nego da prešaltaju mozak na koncepte na kojima se JS zasniva
Edit: Preteče me Moreno