Neko vreme sam radio na trecim stvarima, i nisam resavao ovo.
I mada sam se dosta dugo patio sa zamenom java.exe i javaw.exe, resenje je dosta jednostavno: u registriju sam izmenio HKEY_CLASS_ROOT/jarfile/shell/open/command, umesto
"D:\Program Files\Java\jre1.5.0_14\bin\javaw.exe" -jar "%1" %*
stavio
"D:\Program Files\Java\jre1.5.0_14\bin\javaw.exe" -javaagent
:/agent.jar -jar "%1" %*
Tako da sada na dvoklik pokrece vm sa agentom.