Ja sam iz slicnih razloga (ne tako drasticnih) u svoju DB klasu pre pozivanja query metoda stavio poziv
mysql_ping f-je, koja resava sve slicne probleme.
Verovatno je mysql/socket timeout setovan na jako malu vrednost na tom serveru, ali ping ce taj problem resiti. Svakako pogledaj
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/gone-away.html.