Eto ja sam od tih koji u svojim projektima u CI-u izostavljam php closing tag i stavljam '// EOF'. Korektno mi deluje i sa i bez, nista cudno tu ne vidim.
PHP kôd:
<?php
/**
* example
*/
// EOF
Nemam nista protiv kada se tim dogovara o standardima ali mi nije korektno kada se oni bez obrazlozenja i logike namecu samo zato sto se to nekom ko namece svidja ili je navikao.