Pregledao sam ovu strukturu na blic, i savim je ok što si razdvojio backend i frontend.
Ova struktura ne podržava design template, ali možda si računao da to u većini slučajeva nije potrebno.
Ne slažem se da tim da treba proširivati system folder, ali u slučaju ove organizacije to je najrealnije rešenje u slućaju proširenje sistemskih biblioteka.
Ovo jeste mana ovakve organizacije po mom mišljenju. Zato predlažem da pogledate, a sigurno već i jeste Matchbox
http://codeigniter.com/forums/viewthread/65749/
koji će od CI-a napraviti modularni framework, tako da onda lako moćemo napraviti modul admin, u kojem bi se nalazila logika backend-a. Šta mislite o ovakvoj struktiri ?
Uz dodatak da struktura podržava design template, mislim da to može biti pun pogodak.
Kohana je modularni framework, i CI bi mogao da krene u tom smeru.
Off Topic: Zar ne mislite da vreme CI-a polako prolazi ? Da ne kažem da ga je vreme pregazilo ? Ne koristiti prednosti koje nudi php 5 (Intefejsi, abstraktne klase, statičke funkcije .... autoload ....)