Hmm, cudno da ovde nema nikog ko radi Zend.
Anyway, ovo je bio problem, mozda zatreba nekom u buducnosti:
mod_rewrite je sve vreme bio loadovan, ali je bilo potrebno u konfiguraciji apacha za sites-enabled da se podesi AllowOverride na FileInfo Options umesto none.
Kôd:
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride FileInfo Options
Order allow,deny
allow from all
</Directory>