Nesto je vama tu jako lose napisano u kodu. Ovo meni smrdi na neki neoptimizovani query koji "ubije" server. Dodavanjem ovog wait_timeout i postavljanjem na 60 ste verovatno sprecili zabadanje servera time sto mysql ubije problematicni query posle 60 sekundi i stvari se vrate u normalu. Problem je u tome sto time krajnji korisnik takodje ne dobije trazenu stranicu a i verovatno mu se ispise greska tipa "mysql server has gone away".
Treba da se otvori slow query log i proveri tacno koji query pravi problem i da se pokusa optimizacija. Verovatno se ne koristi dobro index ili se join-uje puno tabela. Lokaciju slow quey log-a mozete da nadjete ako pustite query (u Phpmyadmin npr.)
Kôd:
SHOW VARIABLES LIKE '%slow%'
i onda vidite vrednost varijable slow_query_log_file (meni je lokacija loga npr /var/lib/mysql/server-slow.log)
Sve u svemu, na 300 posetioca, VPS od 512MB bi morao da bude dovoljan.