Nesto tu nije normalno. Imas ovaj query:
SELECT * FROM `*`.`list`
.. koji traje, jednom 476, a drugi put 266 sekunde, sto uopste nije normalno. Posebno ako se vidi da se povuce prvi put 27726, a drugi put 46709 redova. To ne bi trebalo da traje tih 5-8 minuta. Takodje se vidi da se broj redova u tabeli list povecao za 20.000 u roku od 27 minuta sto znaci da je bilo bas puno inserta u medjuvremenu.
Mozda nema nikakve veze sa mysql-om? Mozda imas neki proces u pozadini koji puni tu list tabelu pa tu nesto pada (neki cron mozda?). Probaj sa tim OPTIMIZE table i REPAIR table ali prethodno backup svega
P.S. ko naziva svoju bazu `*`?