Ja naleteo na mdocs
https://github.com/jaywilliams/mdocs , php script koji parsira markdown file-ove, generise toc na osnovu headings-a i meni na osnovu direktorijuma i file-ova, pritom koristi i geshi za syntax highlithing.
Probali i mi dokuwiki i bas je bilo mucenje, dosta je jednostavnije editovati tekstualne fajlove, komitujes i sve je up.