Ja bih za odvajanje front-enda od back-enda preporucio Smarty template
http://www.smarty.net
Sluzi da bi sto vise odvoji te dve stvari i olaksao posao dizajnerima ali i programerima koji ne zele da se bakcu sa dizajnom.
A sta je bolje Java ili PHP je tesko reci, generalno Java je i brza i stabilnija.
Dok se u PHPu brze odrade neke stvari - mada i to je diskutabilno.
Na kraju se sve svodi na to sa kakvim developerima radis.