Više puta sam naleteo na isti problem (bilo da koristim JS ili PHP SDK) i još uvek nisam našao rešenje
Jednostavno, FB.logout te izloguje sa FB-a, ali aplikacija (na fb) je i dalje povezana sa profilom, tako da, kad se uloguješ (na fb), aplikacija te re-autorizuje na sajtu i ponovo si ulogovan sa istim profilom... :/