cisto ako nekom zatreba, upravo sam imao slican problem: meni napravljen od unordered liste, pri cemu je na linkove unutar <li> elemenata stavljena negativna margina i IE naravno odbija da to prikaze (odseca deo koji ide u minus). Trikovi sa zoom:1 ili height:1% nisu pomogli..
Posle malo experimentisanja sam provalio da je resenje da se stavi position:relative na link koji ima negativnu marginu... eto cisto ako nekom nekad zatreba, da zna...