Prvo validuj html i css. Često to zna da bude uzrok pogrešnog prikazivanja stranice u nekim browserima.
Za izgled stranice u IE-u se često koriste css hakovi, koje ti ne preporučujem jer ćeš imati problema sa budućim verzijama IE-a, počev od verzije IE7.
Najveći problem (nikako jedini) kod IE-a je što IE drugačije tumači BOX MODEL (size, margin, padding). Pretraži malo google na tu temu.
Najbolje rešenje, po meni, je da koristiš
uslovne komentare, iliti conditional comments. Jednostavno, napraviš CSS za stranicu koja će izgledati dobro u IE-u i smestiš u zaseban css fajl koji ćeš pozivati uslovnim komentarima. Kasnije iz tog ie.css fajla izbaci redove k0da koji su isti kao i u default.css fajlu.