[Br@nkoR]

Mogao si da ostaviš i html kod.
Onako kako si opisao problem moje pretpostavka da se radi o quirks modu, pokušaj sa strict modom, odnosno definiši doctype.

Ili pokušaj da promeniš width a elementu ali samo da ga vidi opera, dakle:

@media all and (min-width: 0px){
  #menu li a {
    height: 32px;
  }
}

EDIT:
Ovo zaboravi da napišem, možeš pokušati i sa:

#menu li a {
box-sizing: content-box;
}