[miks]

Pretpostavljam da ti je ova tabela "flags" povezana sa tabelom "grupe" tako da bih ja uradio nesto slicno sledecem:

SELECT
  g.Group_ID,
  SUM(IF(f.Flag IS NOT NULL, 1, 0)) AS ImaFlag
FROM
  Grupe g LEFT JOIN Flags f ON g.Group_ID=f.Group_ID
GROUP BY g.Group_ID
;

Takodje pretpostavljam da u "flags" tabeli nemas zapise tipa:

  Group_ID | NULL

tako da su ti u ovoj tabeli samo grupe koje imaju bar jedan flag.