[Br@nkoR]

Hmm.. ukoliko koristiš innerHTML, js kôd mislim da se neće izvršiti, potrebno je da ga ti izvršiš, npr. nešto na brzinu:

<script>
String.prototype.evalScript = function() {
  return this.replace(/<script[^>]*?>((\n|\r|.)*?)<\/script>/img, function(m, m1) { eval(m1); return m;});
}

function testCodeFunction() {
  var response = '<div>novi sadrzaj 1</div><script>alert("bre1");</s'+'cript><div>novi sadrzaj 2</div><script>alert("bre2");</s'+'cript>';
  response = response.evalScript();
  document.getElementById('testCode').innerHTML = response;
}
</script>

<a href="#" onclick="testCodeFunction(); return false;">test</a>
<div id="testCode">a</div>