Gde god da ga stavis radice, opredeli se za jedno i budi konzistentan. Ja licno opt na linuxu nisam koristio vec /usr/local posto su kompajlirani app-ovi po defaultu isli tamo, ali sada na Mac-u npr MacPorts kreira /opt/local/* i tu trpa sadrzaj.
Ako ti je bas bitno pogledaj
http://tldp.org/LDP/Linux-Filesystem-Hierarchy/html/