Vidi da li ti ovo odgovara
http://www.arg0.net/encfs (
http://www.arg0.net/encfsintro )
Sad zavisno od distro koji koristis imas i laksi nacin sa apt-get/yum/rpm da instaliras sve biblioteke.
Neke distribucije podrzavaju i kriptovanje celog diska(block-level) sto mislim da je mnogo za ovu namenu
edit: kod encfs mozes dodati usere u neku grupu, i onda samo ta grupa moze da vidi sadrzaj fajlova. npr. svn deamon dodas u tu grupu