iskreno ja koristim script.aculo.us koji je sustinski plugin za prototype.
sto se prakse tice obicno imam unified header za sve stranice tako da svaka ukljucuje prototype bibl a script.aculo.us ukljucujem po potrebi i to filtrirano samo na stvari koje su potrebne.
dosadasnje iskustvo mi je pokazalo da je gubljenje vremena pisati kod od nule kada ce na svakom iole ozbiljnijem projektu kolicina js koda preci 500-600 linija koje mogu postati 100-200 linija pravilnim koriscenjem bibl.
na kraju zato su i biblioteke tu
da ti Svaki put olaksaju rad
jquery nisam koristio i sumljam da cu ga koristiti prvenstveno zbog navike mada sam cuo veoma lepe stvari