Ja stavljam da su mi adrese za CSS, JS i slične fajlove uvek apsolutne u odnosu na root, tj. umesto css/styles.css da bude
/css/styles.css Tako ne nmoram da vodim računa o mod_rewrite i uvek znam da će browser pronaći css na putanji
http://domen.com/css/style.css
Dakle konkretno, ovde ti nije problem u mod_rewrite već u načinu na koji navodiš putanje.